stdinかなんかをnonblockingでやるのではなく、別threadでタスクを実行しておいて、master threadでそいつを適当なタイミングで止めてやるという話。
参考: pthreadのキャンセル
pthread_cancelというのがあり、cancel pointをワーカスレッド側に用意( pthread_testcancel)してやればよい。ただ、このサンプルだとsleepがcancel pointになるので問題なかったりもする。

//! gcc -o hoge.bin hoge.c -lpthread 
#include <stdio.h>
#include <pthread.h>
#include <time.h>
#include <pthread.h>

typedef struct _thread_arg
{
    int test;
} thread_arg_t;

void thread_func( void *tmp )
{
    thread_arg_t *arg = ( thread_arg_t * ) tmp;
    time_t t;
    while ( 1 ) {
        time( &t );
        printf( "%2d: %s", arg->test, ctime( &t ) );
        fflush( stdout );
        sleep( 1 );
        pthread_testcancel( );
    }
}

int main( void ) 
{
    pthread_t    thread;
    thread_arg_t targ = { .test = 1  };

    pthread_create( &thread, NULL, ( void * ) thread_func, ( void * ) &targ );

    getchar();
    pthread_cancel( thread );
    pthread_join( thread, NULL );
    
    printf( "finished\n" );
    return 0;
}